Nous sommes au cœur de l'édifice, devant le pilier creux où est déposée la châsse contenant les reliques du patron du lieu, saint Benoît, sans qui rien n'existerait ici. De ce pilier central sort la double voûte du double déambulatoire, portant le sanctuaire supérieur. Toute l'église se développe à partir de cette crypte obscure. Les reliques y furent déposées en 1108, lors de la consécration de l'autel majeur.
Les reliques de Saint Benoît
La tradition écrite rapporte que les reliques de saint Benoît et de sa soeur sainte Scholastique ont été rapportées en France à la fin du VIIè siècle par un groupe de moines de Fleury, accompagnés par des chanoines de la Cathédrale du Mans. Depuis lors les restes du "Patriarche d'Occident" sont conservés à Saint Benoît sur Loire.
La question de la translation des reliques de saint Benoît et de sa sœur Scholastique a été étudiée avec toute la rigueur scientifique dans les années 60 par une équipe pluridisciplinaire, comprenant des médecins animés par le professeur BEAU qui était alors doyen de la faculté de médecine de Nancy, des historiens, des spécialistes de la critique des textes du moyen âge, des spécialistes d'histoire de la liturgie.